Микрококкальная нуклеаза: свойства, источники и применение.
Micrococcal nuclease
Микрококковая нуклеаза: эндо- и экзонуклеаз для расщепления одно- и двухцепочечных ДНК/РНК. Оптимум pH 9.2, молекулярный вес 16.9кДа. Ферменты, нуклеазы.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Класс ферментов
Class of enzymes
Микрококковая нуклеаза (, S7 Nuclease, MNase, spleen endonuclease, thermonuclease, nuclease T, micrococcal endonuclease, nuclease T''', staphylococcal nuclease, spleen phosphodiesterase, Staphylococcus aureus nuclease, Staphylococcus aureus nuclease B, ribonucleate (deoxynucleate) 3' nucleotidohydrolase) – эндо- и экзонуклеаза, которая предпочтительно расщепляет одноцепочечные нуклеиновые кислоты. Скорость расщепления в 30 раз выше на 5'-конце A или T, чем на G или C, что приводит к образованию мононуклеотидов и олигонуклеотидов с терминальными 3'-фосфатами. Фермент также активен в отношении двухцепочечной ДНК и РНК, и в конечном итоге все последовательности будут расщеплены. Характеристики
Micrococcal nuclease (, S7 Nuclease, MNase, spleen endonuclease, thermonuclease, nuclease T, micrococcal endonuclease, nuclease T''', staphylococcal nuclease, spleen phosphodiesterase, Staphylococcus aureus nuclease, Staphylococcus aureus nuclease B, ribonucleate (deoxynucleate) 3' nucleotidohydrolase) is an endo exonuclease that preferentially digests single stranded nucleic acids. The rate of cleavage is 30 times greater at the 5' side of A or T than at G or C and results in the production of mononucleotides and oligonucleotides with terminal 3' phosphates. The enzyme is also active against double stranded DNA and RNA and all sequences will be ultimately cleaved. Characteristics
Молекулярная масса фермента составляет 16,9 кДа. Оптимальный pH указан как 9,2. Активность фермента строго зависит от Ca2+, а оптимальный pH варьируется в зависимости от концентрации Ca2+. Следовательно, фермент легко инактивируется EGTA. Источники
The enzyme has a molecular weight of 16.9kDa. The pH optimum is reported as 9.2. The enzyme activity is strictly dependent on Ca2+ and the pH optimum varies according to Ca2+ concentration. The enzyme is therefore easily inactivated by EGTA. Sources
Этот фермент является внеклеточной нуклеазой Staphylococcus aureus. Два штамма, V8 и Foggi, дают практически идентичные ферменты. Распространенным источником являются клетки E. coli, несущие клонированный ген *nuc*, кодирующий внеклеточную нуклеазу Staphylococcus aureus (микрококковую нуклеазу).
This enzyme is the extracellular nuclease of Staphylococcus aureus. Two strains, V8 and Foggi, yield almost identical enzymes. A common source is E. coli'' cells carrying a cloned nuc gene encoding Staphylococcus aureus extracellular nuclease (micrococcal nuclease).
Структура
Трехмерная структура микрококковой нуклеазы (тогда называвшейся стафилококковой нуклеазой) была определена очень рано в истории протеинной кристаллографии, в 1969 году, и занесена в устаревший файл базы данных Protein Data Bank под номером 1SNS. Кристаллические структуры более высокого разрешения, полученные позднее, доступны для апо-формы как файл Protein Data Bank 1SNO: и для формы, ингибированной тимидиндифосфатом, как файл Protein Data Bank 3H6M: или 1SNC:. Как видно на представленной выше диаграмме в виде ленты, молекула нуклеазы состоит из трех длинных альфа-спиралей и пятицепочечного бета-листа в форме бочки, расположенных в конфигурации, известной как OB-складка (от oligonucleotide binding fold – складка для связывания олигонуклеотидов), согласно классификации в базе данных SCOP.
The 3 dimensional structure of micrococcal nuclease (then called Staphyloccal nuclease) was solved very early in the history of protein crystallography, in 1969, deposited as now obsolete Protein Data Bank file 1SNS. Higher resolution, more recent crystal structures are available for the apo form as Protein Data Bank file 1SNO: and for the thymidine diphosphate inhibited form as Protein Data Bank file 3H6M: or 1SNC: As seen in the ribbon diagram above, the nuclease molecule has 3 long alpha helices and a 5 stranded, barrel shaped beta sheet, in an arrangement known as the OB fold (for oligonucleotide binding fold) as classified in the SCOP database.
Приложения
CUT&RUN секвенирование, контролируемый расщепление, направленный антителами, с помощью микрококковой нуклеазы для транскриптомического профилирования. Гидролиз нуклеиновых кислот в неочищенных клеточных экстрактах. Секвенирование РНК. Получение лизатов ретикулоцитов кролика. Исследования структуры хроматина. Удаление нуклеиновых кислот из лабораторных препаратов белков для изучения сворачивания белков и соотношения структуры и функции. Исследование механизмов сворачивания белков.
CUT&RUN sequencing, antibody targeted controlled cleavage by micrococcal nuclease for transcriptomic profiling. Hydrolysis of nucleic acids in crude cell free extracts. Sequencing of RNA. Preparation of rabbit reticulocyte lysates. Studies of chromatin structure. Removal of nucleic acids from laboratory protein preparations allowing for protein folding and structure function studies. Research on the mechanisms of protein folding.