Международный комитет по таксономии вирусов

Введение

Международная организация, регулирующая классификацию и номенклатуру вирусов

Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) уполномочивает и организует таксономическую классификацию и номенклатуру вирусов. ICTV разрабатывает универсальную таксономическую схему для вирусов и, таким образом, располагает средствами для надлежащего описания, наименования и классификации каждого вирусного таксона. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются ведущими вирусологами. ICTV был создан и управляется Вирусологическим отделом Международного союза микробиологических обществ. Детальная работа, такая как идентификация новых таксонов и определение границ видов, родов, семейств и т. д., обычно выполняется экспертными группами по семействам. ICVN опубликовал свой первый отчет в 1971 году. Исполнительный комитет
Президент
Вице-президент
Секретари
Бизнес-секретарь
Секретарь по предложениям
Секретарь по данным
Председатели – должности: 7 (по одному для каждого подкомитета)
Избранные члены – должности: 11

Подкомитеты
Подкомитет по ДНК-вирусам животных и ретровирусам – исследовательские группы: 18
Подкомитет по двуцепочечным РНК-вирусам и одноцепочечным РНК-вирусам животных – исследовательские группы: 24
Подкомитет по одноцепочечным РНК+ вирусам животных – исследовательские группы: 16
Подкомитет по бактериальным вирусам – исследовательские группы: 20
Подкомитет по археальным вирусам – исследовательские группы: 11
Подкомитет по вирусам грибов и протистов – исследовательские группы: 12
Подкомитет по растительным вирусам – исследовательские группы: 22

Классификация вирусов, обнаруженных методом метагеномики

Признавая важность вирусной метагеномики, ICTV подтверждает, что геномы, собранные из метагеномных данных, представляют собой реальные вирусы, и поощряет их официальную классификацию в соответствии с теми же процедурами, которые применяются к вирусам, выделенным и охарактеризованным классическими вирусологическими методами.

Доклады ICTV

ICTV публикует отчеты о таксономии вирусов примерно два раза в десятилетие с 1971 года (список приведен ниже в разделе "Доклады"). Девятый отчет ICTV был опубликован в декабре 2011 года, и его содержание теперь свободно доступно на веб-сайте ICTV. Начиная с 2017 года, десятый отчет ICTV публикуется онлайн на веб-сайте ICTV и доступен бесплатно, при этом отдельные главы обновляются последовательно. Таксономия за 2018 год доступна в сети Интернет, включая скачиваемую таблицу Excel со всеми признанными видами.

База данных ICTVdb

ICTVdb – это база данных видов и изолятов, предназначенная для использования в качестве дополнения к базе данных таксономии ICTV. Разработка ICTVdB поддерживается ICTV с 1991 года и изначально была направлена на поддержку таксономических исследований. База данных классифицирует вирусы главным образом на основе их химических характеристик, геномного типа, репликации нуклеиновых кислот, вызываемых заболеваний, переносчиков и географического распространения, среди прочих характеристик. База данных была разработана в Австралийском национальном университете при поддержке Национального научного фонда США и при спонсорстве Американской коллекции типовых культур. В ней используется система языка описания для таксономии (DELTA) – мировой стандарт для обмена таксономическими данными, разработанный в Австралийской организации научных и промышленных исследований Содружества (CSIRO). DELTA способна хранить широкий спектр данных и преобразовывать их в формат, подходящий для традиционных отчетов и веб-публикаций. Например, ICTVdB сама по себе не содержит информацию о геномных последовательностях, но может конвертировать данные DELTA в формат NEXUS. Она также способна обрабатывать большие объемы данных и подходит для составления расширенных списков свойств вирусов, текстовых комментариев и изображений. ICTVdB расширилась в концепции и возможностях, став важным справочным ресурсом и инструментом для исследований; в 1999 году ее основной сайт в Австралийском национальном университете и два зеркальных сайта в Великобритании и США ежедневно получали более 30 000 посещений. В 2011 году ICTV приняла решение о приостановке проекта и веб-сайта ICTVdb. Это решение было принято после того, как стало очевидно, что таксономия, представленная на сайте, устарела на несколько лет, а некоторые данные на сайте были неточными из-за проблем с запросами к базе данных и ее обработкой для обеспечения вывода информации на естественном языке на веб-сайте ICTVdb. ICTV начала обсуждение путей решения этих проблем, но пришла к выводу, что сроки обновления и исправления ошибок были слишком велики, поэтому лучше закрыть сайт, чем продолжать распространять неточную информацию. По состоянию на август 2013 года база данных остается в замороженном состоянии. По мнению некоторых, "ICTV также должна способствовать использованию общедоступной базы данных для замены базы данных ICTV в качестве хранилища основных метаданных отдельных вирусов и публиковать рефераты отчетов ICTV в этой базе данных, обеспечивая "открытый доступ" к ним". База данных была возобновлена в 2017 году.

ICTVdb is a species and isolate database that has been intended to serve as a companion to the ICTV taxonomy database. The development of ICTVdB has been supported by the ICTV since 1991 and was initially intended to aid taxonomic research. The database classifies viruses based primarily on their chemical characteristics, genomic type, nucleic acid replication, diseases, vectors, and geographical distribution, among other characteristics. The database was developed at the Australian National University with support of the US National Science Foundation, and sponsored by the American Type Culture Collection. It uses the Description Language for Taxonomy (DELTA) system, a world standard for taxonomic data exchange, developed at Australia's Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO). DELTA is able to store a wide diversity of data and translate it into a language suitable for traditional reports and web publication. For example, ICTVdB does not itself contain genomic sequence information but can convert DELTA data into NEXUS format. It can also handle large data inputs and is suited to compiling long lists of virus properties, text comments, and images. ICTVdB has grown in concept and capability to become a major reference resource and research tool; in 1999 it was receiving over 30,000 combined online hits per day from its main site at the Australian National University, and two mirror sites based in the UK and United States. In 2011, the ICTV decided to suspend the ICTVdb project and web site. This decision was made after it became apparent that the taxonomy provided on the site was many years out of date, and that some of the information on the site was inaccurate due to problems with how the database was being queried and processed to support the natural language output of the ICTVdb web site. The ICTV has begun discussions on how best to fix these problems, but decided that the time frame for updates and error correction were sufficiently long that it was best to take the site down rather than perpetuate the release of inaccurate information. As of August 2013, the database remains on hold. According to some views, "ICTV should also promote the use of a public database to replace the ICTV database as a store of the primary metadata of individual viruses, and should publish abstracts of the ICTV Reports in that database, so that they are 'Open Access'." The database was revived in 2017.