Вирустарды жіктеу және номенклатурасы бойынша халықаралық комитет

Кіріспе

Вирустарды жіктеу мен номенклатураны реттейтін халықаралық ұйым. Вирустардың таксономиясы жөніндегі халықаралық комитет (ICTV) вирустардың таксономиялық жіктелуін және номенклатурасын бекітеді және ұйымдастырады. ICTV вирустар үшін әмбебап таксономиялық жүйені әзірлейді, осылайша әрбір вирус таксонын дұрыс сипаттау, атау және жіктеу мүмкіндігіне ие болады. Вирустардың таксономиясы жөніндегі халықаралық комитеттің мүшелері – сарапшы вирусологтар. ICTV Халықаралық микробиологиялық қоғамдар одағының Вирусология бөлімшесімен құрылған және оның басшылығында жұмыс істейді. Жаңа таксондарды анықтау және түрлердің, туыстардың, отбасылардың және т.б. шекараларын белгілеу сияқты егжей-тегжейлі жұмысты әдетте отбасылардағы сарапшылар тобы жүргізеді. ICVN 1971 жылы өзінің алғашқы есебін жариялады.

Атқару комитеті:
Президент
Вице-президент
Хатшылар
Бизнес-хатшы
Ұсыныстар хатшысы
Деректер хатшысы
Төрағалар – лауазымдар: 7 (әрбір кіші комитетке біреу)
Сайланған мүшелер – лауазымдар: 11

Кіші комитеттер:
Жануарлар ДНК вирустары және ретровирустары кіші комитеті – зерттеу топтары: 18
Жануарлар dsRNA және ssRNA вирустары кіші комитеті – зерттеу топтары: 24
Жануарлар ssRNA+ вирустары кіші комитеті – зерттеу топтары: 16
Бактериялық вирустар кіші комитеті – зерттеу топтары: 20
Археологиялық вирустар кіші комитеті – зерттеу топтары: 11
Саңырауқұлақ және прототистік вирустар кіші комитеті – зерттеу топтары: 12
Өсімдік вирустары кіші комитеті – зерттеу топтары: 22

Метагеномия арқылы анықталған вирустарды жіктеу

Вирустық метагеномиканың маңыздылығын мойындаған ICTV, метагеномдық деректерден құрастырылған геномдардың нақты вирустар екенін қабылдайды және классикалық вирусологиялық әдістермен оқшауланып, сипатталған вирустарға қолданылатын процедуралармен үйлесімді ресми жіктелуін қолдайды.

ICTV хабарлары

ICTV 1971 жылдан бері он жыл сайын шамамен екі рет вирустардың таксономиясы туралы есептер жариялап келеді ("Есептер" тізімінде көрсетілген). ICTV-нің тоғызыншы есебі 2011 жылдың желтоқсанында жарияланды; оның мазмұны қазір ICTV веб-сайты арқылы тегін қолжетімді. 2017 жылдан бастап ICTV-нің оныншы есебі ICTV веб-сайтында онлайн жарияланады және оған қол жеткізу тегін, ал жеке тараулары үнемі жаңартылып отырады. 2018 жылғы таксономия онлайн режимінде қолжетімді, сонымен қатар барлық танылған түрлердің Excel форматындағы электрондық кестесі де бар.

ICTVdb деректер қоры

ICTVdb – ICTV таксономиялық деректер базасына қосымша ретінде қызмет ету үшін жасалған түрлер мен изоляттардың деректер қоры. ICTVdB-ны әзірлеуді 1991 жылдан бері ICTV қолдап келеді және бастапқыда таксономиялық зерттеулерге көмектесу мақсатында құрылған. Деректер базасы вирустарды негізінен олардың химиялық қасиеттеріне, геномдық типіне, нуклеин қышқылының көбейтілуіне, тудыратын ауруларына, тасымалдаушыларына және географиялық таралуына қарай жіктейді. Бұл деректер базасы Австралия Ұлттық университетінде АҚШ Ұлттық Ғылым қорының қолдауымен және Америка типтік мәдениеттер жинағының демеушілігімен жасалды. Ол Австралияның Ғылыми-өнеркәсіптік зерттеулер ұйымында (CSIRO) әзірленген таксономиялық деректер алмасудың әлемдік стандарты – Таксономиялық сипаттамалар тілі (DELTA) жүйесін пайдаланады. DELTA әртүрлі деректерді сақтауға және оларды дәстүрлі есептерге және веб-жарияланымға қажетті форматқа аударуға мүмкіндік береді. Мысалы, ICTVdB-ның өзі геномдық тізбек туралы ақпаратты қамтымайды, бірақ DELTA деректерін NEXUS форматына түрлендіре алады. Сонымен қатар, ол үлкен көлемдегі деректерді өңдеуге қабілетті және вирустың қасиеттерінің, мәтіндік түсіндірмелердің және суреттердің ұзақ тізімдерін жинақтауға жарамды. ICTVdB тұжырымдамасы мен мүмкіндіктері артып, маңызды анықтамалық ресурс және зерттеу құралына айналды. 1999 жылы ол Австралия Ұлттық университетіндегі негізгі сайтынан және Ұлыбритания мен АҚШ-тағы екі көшірме сайтынан күніне 30 000-нан астам онлайн сұраныс алды. 2011 жылы ICTV ICTVdb жобасы мен веб-сайтын тоқтату туралы шешім қабылдады. Бұл шешімге себеп – сайтта ұсынылған таксономияның көп жылдар бұрын ескіргені және дерекқорға сұраныс жасау және ICTVdb веб-сайтының табиғи тілдегі нәтижесін қамтамасыз ету процесіндегі мәселелерге байланысты сайттағы кейбір ақпараттың дұрыс еместігі анықталды. ICTV осы мәселелерді шешудің ең тиімді жолдары туралы талқылауды бастады, бірақ жаңартулар мен қателерді түзетуге кететін уақыт жеткілікті ұзақ болғандықтан, дұрыс емес ақпаратты таратудан гөрі сайтты жабу дұрыс деп шешті. 2013 жылдың тамызынан бастап деректер базасы тоқтап тұр. Кейбір пікірлерге сәйкес, "ICTV жеке вирустардың негізгі метадеректерін сақтау үшін ICTV деректер базасын ауыстыратын қоғамдық деректер базасын пайдалануды қолдауы керек және ICTV есептерінің тұжырымдамаларын осы деректер базасында жариялауы керек, осылайша олар «Ашық қолжетімділікке» ие болады". Деректер базасы 2017 жылы қайта жаңғыртылды.

ICTVdb is a species and isolate database that has been intended to serve as a companion to the ICTV taxonomy database. The development of ICTVdB has been supported by the ICTV since 1991 and was initially intended to aid taxonomic research. The database classifies viruses based primarily on their chemical characteristics, genomic type, nucleic acid replication, diseases, vectors, and geographical distribution, among other characteristics. The database was developed at the Australian National University with support of the US National Science Foundation, and sponsored by the American Type Culture Collection. It uses the Description Language for Taxonomy (DELTA) system, a world standard for taxonomic data exchange, developed at Australia's Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO). DELTA is able to store a wide diversity of data and translate it into a language suitable for traditional reports and web publication. For example, ICTVdB does not itself contain genomic sequence information but can convert DELTA data into NEXUS format. It can also handle large data inputs and is suited to compiling long lists of virus properties, text comments, and images. ICTVdB has grown in concept and capability to become a major reference resource and research tool; in 1999 it was receiving over 30,000 combined online hits per day from its main site at the Australian National University, and two mirror sites based in the UK and United States. In 2011, the ICTV decided to suspend the ICTVdb project and web site. This decision was made after it became apparent that the taxonomy provided on the site was many years out of date, and that some of the information on the site was inaccurate due to problems with how the database was being queried and processed to support the natural language output of the ICTVdb web site. The ICTV has begun discussions on how best to fix these problems, but decided that the time frame for updates and error correction were sufficiently long that it was best to take the site down rather than perpetuate the release of inaccurate information. As of August 2013, the database remains on hold. According to some views, "ICTV should also promote the use of a public database to replace the ICTV database as a store of the primary metadata of individual viruses, and should publish abstracts of the ICTV Reports in that database, so that they are 'Open Access'." The database was revived in 2017.