SH3 домен: структура, функции и взаимодействия с белками.
SH3 domain
SH3 домен: структура, функции и роль в сигнальных путях клетки. Важен для киназ, GTPase, цитоскелета и регуляции клеточного роста. Биология, протеомика.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Малый белковый домен, обнаруженный в некоторых киназах и ГТфазах.
Small protein domain found in some kinases and GTPases
Домен SRC Homology 3 (или домен SH3) — это небольшой белковый домен, состоящий примерно из 60 аминокислотных остатков. Изначально SH3 был описан как консервативная последовательность в вирусном адапторном белке v-Crk. Этот домен также присутствует в молекулах фосфолипазы и нескольких цитоплазматических тирозинкиназ, таких как Abl и Src. Он также был идентифицирован в ряде других семейств белков, включая PI3-киназу, белок, активирующий Ras GTPase, CDC24 и cdc25. Домены SH3 встречаются в белках сигнальных путей, регулирующих цитоскелет, белок Ras, Src-киназу и многие другие. Белки, содержащие домен SH3, взаимодействуют с адапторными белками и тирозинкиназами. При взаимодействии с тирозинкиназами белки SH3 обычно связываются вдали от активного центра. В геноме человека обнаружено около 300 доменов SH3, входящих в состав различных белков. Кроме того, домен SH3 играет роль в контроле белок-белковых взаимодействий в путях передачи сигнала и регулировании взаимодействий белков, участвующих в цитоплазматической сигнализации.
The SRC Homology 3 Domain (or SH3 domain) is a small protein domain of about 60 amino acid residues. Initially, SH3 was described as a conserved sequence in the viral adaptor protein v Crk. This domain is also present in the molecules of phospholipase and several cytoplasmic tyrosine kinases such as Abl and Src. It has also been identified in several other protein families such as: PI3 Kinase, Ras GTPase activating protein, CDC24 and cdc25. SH3 domains are found in proteins of signaling pathways regulating the cytoskeleton, the Ras protein, and the Src kinase and many others. The SH3 proteins interact with adaptor proteins and tyrosine kinases. Interacting with tyrosine kinases, SH3 proteins usually bind far away from the active site. Approximately 300 SH3 domains are found in proteins encoded in the human genome. In addition to that, the SH3 domain was responsible for controlling protein protein interactions in the signal transduction pathways and regulating the interactions of proteins involved in the cytoplasmic signaling.
Структура
Домен SH3 имеет характерную бета-бочкообразную структуру, состоящую из пяти или шести β-нитей, расположенных в виде двух плотно упакованных антипараллельных β-листов. Линкерные участки могут содержать короткие α-спирали. Складка типа SH3 – древняя структура, встречающаяся как у эукариот, так и у прокариот.
The SH3 domain has a characteristic beta barrel fold that consists of five or six β strands arranged as two tightly packed anti parallel β sheets. The linker regions may contain short helices. The SH3 type fold is an ancient fold found in eukaryotes as well as prokaryotes.
Интерактомы SH3
Сети белок-белковых взаимодействий, опосредованные доменом SH3, то есть интерактомы SH3, показали, что интерактом SH3 нематоды схож с аналогичной сетью дрожжей, поскольку он значительно обогащен белками, участвующими в эндоцитозе. Тем не менее, ортологичные взаимодействия, опосредованные доменом SH3, подвергаются значительной перестройке между нематодой и дрожжами.
SH3 domain mediated protein protein interaction networks, i. e., SH3 interactomes, revealed that worm SH3 interactome resembles the analogous yeast network because it is significantly enriched for proteins with roles in endocytosis. Nevertheless, orthologous SH3 domain mediated interactions are highly rewired between worm and yeast.