Кіріспе

Таксономиялық дәреже

Биологияда патшалық – доменнен төмен орналасқан екінші жоғары таксономиялық дәреже. Патшалықтар кішірек топтарға бөлінеді, олар филалар деп аталады. Дәстүр бойынша, АҚШ және Канаданың кейбір оқулықтарында алты патшалық жүйесі қолданылған (Анималия, Планте, Саңырауқұлақтар, Протиста, Архея/Архебактериялар және Бактериялар немесе Эубактериялар), ал әлемнің басқа бөліктеріндегі оқулықтар, мысалы, Ұлыбритания, Пәкістан, Бангладеш, Үндістан, Грекия, Бразилияда тек бес патшалық қолданылады (Анималия, Планте, Саңырауқұлақтар, Протиста және Монера). Кейбір соңғы жіктемелер, қазіргі заманғы кладистикаға негізделген, кейбір дәстүрлі патшалықтар монофилетикалық емес екенін, яғни олар жалпы ата-тектің барлық ұрпақтарынан тұрмайтынын көрсетеді, сондықтан патшалық терминінен түбегейлі бас тартты. Флора (өсімдіктер үшін), фауна (жануарлар үшін) және 21-ші ғасырда фунга (саңырауқұлақтар үшін) терминдері белгілі бір аймақтағы немесе уақыттағы тіршілік иелерін көрсету үшін де қолданылады.

Анықтама және байланысты терминдер

Карл Линней 1735 жылы биология ғылымына санаттарға негізделген номенклатура жүйесін енгізген кезде, ең жоғары санатқа "патшалық" деген атау берілді, одан кейін төрт негізгі немесе басты санат келді: сынып, отряд, туыс және түр. Кейіннен тағы екі негізгі санат қосылып, санаттар тізбегі былай өзгерді: патшалық, тип немесе бөлім, сынып, отряд, тұқым, туыс және түр. 1990 жылы патшалықтан жоғары "домен" санаты енгізілді.

Өмірдің екі патшалығы

Тірі жандарды жануарлар мен өсімдіктерге жіктеу ежелден келе жатыр. Аристотель (б.з.д. 384–322 жж.) өзінің «Жануарлар тарихы» атты еңбегінде жануарлар түрлерін жіктеген, ал оның шәкірті Теофраст (б.з.д. 371–б.з.д. 287 жж.) өсімдіктер туралы параллель еңбек жазды, ол «Historia Plantarum» есімдерімен белгілі болды. Карл Линней (1707–1778) 1735 жылы қазіргі заманғы биологиялық номенклатураның негізін қалады, оны қазір Номенклатура кодекстері реттейді. Ол тірі нәрселердің екі патшалығын бөліп көрсетті: Regnum Animale («жануарлар патшалығы») және Regnum Vegetabile («өсімдіктер патшалығы»). Линней минералдарды да жіктеу жүйесіне қосып, оларды үшінші патшалыққа, Regnum Lapideum-ға жатқызды.

Өмірдің үш патшалығы

1674 жылы Антони ван Левенгук, көбінесе "микроскопияның әкесі" деп аталатын, Лондон Корольдік қоғамына микроскопиялық бір жасушалы организмдерді алғашқы байқауларының көшірмесін жіберді. Осыған дейін мұндай микроскопиялық организмдердің бар екені толығымен белгісіз болды. Дегенмен, Линней өзінің бастапқы таксономиясына микроскопиялық жандарды қоспады. Бастапқыда микроскопиялық организмдер жануарлар және өсімдіктер патшалықтарына жатқызылды. Алайда, 19 ғасырдың ортасына қарай көптеген адамдарға "өсімдіктер мен жануарлар патшалықтарының қазіргі екіге бөлінуі шекараларында жылдам бұлыңғырланып, қолданыстан шығып қалғаны" анық болды. 1860 жылы Джон Хогг "барлық төменгі жаратылыстар немесе бастапқы органикалық тіршілік иелерінен" тұратын Protoctista, үшінші өмір патшалығын ұсынды; ол Regnum Lapideum-ді төртінші минералдар патшалығы ретінде сақтап қалды. 1960 жылдары Роджер Станир және К. Б. ван Ниль Эдуард Чаттонның бұрынғы жұмыстарын, әсіресе 1962 жылғы "Бактерия тұжырымы" мақаласында насихаттап, таныстырды; бұл алғаш рет патшалықтан жоғары – суперпатшалық немесе империя деңгейін құрып, прокариоттар мен эукариоттардың екі империялық жүйесін жасады.

Дәстүрлі патшалықтан тыс

Кейбір таксономистер патшалықтар ұғымын әлі де қолданса, дәстүрлі патшалықтардан бас тартуға бағытталған үрдіс пайда болды, себебі олар енді организмдерді табиғи топтарға жүйелеуге баса назар аударатын кладистік жіктемеге сәйкес келмейді. 1990 жылы ең жоғары санат үшін "домен" атауы ұсынылды. Мурдан (1990) және оның авторларынан айырмашылығы, Вуз бұл санатқа латынша термин ұсынбады, бұл дәл енгізілген "доминион" терминін қолдауға тағы бір аргумент болып табылады. Вуз прокариоттарды (бұрын Монера патшалығы деп саналған) екі топқа – Eubacteria және Archaebacteria – бөлді, осы екі топ арасындағы генетикалық айырмашылықтың, олардың екеуі мен барлық эукариоттар арасындағы айырмашылыққа тең екенін көрсетті. Генетикалық мәліметтерге сәйкес, өсімдіктер, саңырауқұлақтар және жануарлар сияқты эукариоттар топтары көрінісінде әртүрлі болғанымен, олар еубактериялар мен археяларға қарағанда бір-бірімен тығыз байланысты. Сондай-ақ, эукариоттар еубактерияларға қарағанда археяларға жақын екені анықталды. Eubacteria және Archaea жіктемесінің басымдығы күмәндалғанымен, кейінгі зерттеулер оны растады. Вуз ұсынған жіктеу жүйесінде қанша патшалық бар екендігі туралы бір пікірге келмеді.

Эукариоттық супертоптар

2004 жылы Симпсон мен Роджердің мақаласында «протисталар – жануарлар, өсімдіктер немесе саңырауқұлақтар емес, барлық эукариоттардың жиынтығы» делінген. Олар классификациядағы ресми дәрежелер ретінде тек монофилетикалық топтарды қабылдау керек деп есептеді, және бұл тәсіл бұрын тәжірибеде қолданылмайтын болса да («әдетте ондаған эукариоттық патшалықтарды» қажет ететін), қазір эукариоттарды «барлығы монофилетикалық болатын бірнеше негізгі топтарға» бөлуге болады. Осы негізде, қарама-қарсы диаграмма (олардың мақаласынан қайта салынған) эукариоттардың нақты «патшалықтарын» (авторлардың сөздері) көрсетті. Жарияланған жіктемеде ресми таксономиялық дәрежелер, соның ішінде «патшалық» атауы да қолданылмады. Бұл жүйеде көпжасушалы жануарлар (метазоидтар) бір жасушалы хоанофлагеллаттар мен опстоконта құрамына кіретін саңырауқұлақтардың ортақ атасынан тараған. 2006 жылғы шолуда ұсынылған алты супертоптың бірнешеуіне дәлелдердің жетіспеуі анықталды. 2010 жылдан бастап ризарияның стременнопильдер мен альвеолаттармен бірге SAR супертобы деп аталатын кладқа жататыны туралы кең пікір қалыптасты, сондықтан ризария негізгі эукариоттар тобының бірі емес. Бұдан өзге, консенсусқа қол жеткізілмеген сияқты. Рогозин және авторлар тобы 2009 жылы «Эукариоттардың терең филогенезі – өте қиын және даулы мәселе» деп атап көрсетті. 2010 жылдан бастап 2005 жылы ұсынылған алты супертоптың моделі эукариоттардың нақты филогенезін және оларды қалай жіктеу керектігін көрсетпейді деген келісімге келгендей, бірақ оны алмастыратын модель туралы пікір білдірушілердің арасында келісім жоқ.

Жоғары деңгейдегі сыныптаманы салыстыру

Кейбір авторлар жіктемелеріне жасушасыз өмірді қосты. Бұл жасушасыз өмірді қамтитын "Ацитота" немесе "Афанобионта" деп аталатын "супердоменді" құруға мүмкіндік береді, ал екінші супердомен – "цитота", яғни жасушалық өмір. Эоциттер гипотезасы эукариоттардың археялардың термопротеота тобынан (бұрын эоциттер немесе кренархеота деп аталған) пайда болғанын ұсынады.

Вирустар

Вирустардың таксономиясы жөніндегі халықаралық комитет вирустарды жіктеуде "патшалық" таксономиялық дәрежесін қолданады (вира жұрнағымен); бірақ бұл әлем мен субәлемнің жоғары деңгейдегі жіктелуінен төмен тұрады. Вирустарды тіршілік ағашына қосу мүмкіндігі талқыланып жатыр. Оларға қарсы аргументтердің бірі – вирустардың метаболизмі жоқ, және мизді клеткадан тыс көбейе алмайтын міндетті ішкі жасушалық паразиттер екендігі. Тағы бір аргумент – вирустардың эволюциялық тегі әртүрлі болғандықтан, оларды тіршілік ағашына орналастыру қиынға түсері мүмкін. Мұның бір себебі – Мимивирус сияқты, қалыпты жасуша гендеріне ие, ерекше үлкен және күрделі вирустардың табылуы.