Органикалық әлемді санатқа бөлу жүйесі

Кіріспе

Организмдер үшін реңкке негізделген жіктеу жүйесі

Линнеевтік таксономия екі байланысты ұғымды білдіре алады: Карл Линней өзінің "Жаратылыс жүйесі" (1735) және кейінгі еңбектерінде баяндағандай, биологиялық жіктеудің (таксономияның) нақты бір түрі. Линнейдің таксономиясында үш патшалық бар, олар кластарға бөлінеді, ал кластар иерархиялық тәртіппен төменгі реңктерге бөлінеді. Сондай-ақ, организмдерді реңкке негізделген жіктеуге арналған термин. Яғни, сөздің дәстүрлі мағынасындағы таксономия: реңкке негізделген ғылыми жіктеу. Бұл термин әсіресе организмдерді кладтарға топтастыратын кладистік систематикаға қарама-қарсы қолданылады. Ол Линнейге жатқызылады, бірақ ол реңктелген жіктеу тұжырымдамасын ойлап тапқан жоқ (оның тамыры Платон мен Аристотельге дейін жетеді), сондай-ақ оған қазіргі түрін де бермеген. Шындығында, оның нақты қазіргі түрі жоқ, себебі "Линней таксономиясы" дерлік жоқ – бұл ұқсас тәсілдерді қолданатын бірнеше жеке салалардың жиынтық (абстракциялық) термині. Линней аты да контекстке байланысты екі мағынаға ие: ол Линнейдің (жеке) берген ресми атын білдіруі мүмкін, мысалы, Giraffa camelopardalis Linnaeus, 1758; немесе қабылданған номенклатурадағы ресми атау (қазіргі заманғы клад атауынан өзгеше).

Линнейдің таксономиясы

Imperium Naturae еңбегінде Линней үш патшалықты белгіледі, атап айтқанда Regnum Animale, Regnum Vegetabile және Regnum Lapideum. Бұл тәсіл – жануарлар, өсімдіктер және минералдар патшалықтары – бүгінгі күнге дейін көптеген адамдардың санасында сақталып қалған, әсіресе «Бұл жануар ма, өсімдік пе, әлде минерал ба?» деген ойын сұрағы түрінде. Линнейдің еңбегі ғылымға зор әсер етті; ол қазір номенклатуралық кодекстермен реттелетін биологиялық номенклатураның негізі ретінде маңызды болды. Оның екі еңбегі – өсімдіктер үшін Species Plantarum (1753) ең алғашқы басылымы және Systema Naturae (1758) ондық басылымы – номенклатураның бастапқы нүктелерінің құрамына кіреді; оның биноминалды атаулары (түрлердің атаулары) және туыстық атаулары басқаларға қарағанда артықшылыққа ие. Дегенмен, оның ғылымға тигізген әсері таксономиясының құндылығында емес еді. Линнейдің патшалықтары сыныптарға, ал сыныптар тәртіптерге, туыстарға (жекеше: туыс) және түрлерге (жекеше: түрлерге) бөлінді, сондай-ақ түрден төмен қосымша саты болды, бірақ бұл терминдердің қазіргі заманғы таксономияда қолданылуымен толық сәйкес келмейді.

Жануарларды жіктеу

Тек жануарлар әлемінде Линнейдің жоғары таксономиясы әлі де көбінесе танылады және осы атаулардың кейбіреулері әлі де қолданылуда, бірақ көбінесе сол топтар үшін емес. Ол жануарлар әлемін алты классқа бөлді. 1758 жылғы онінші басылымда олар:
Classis 1. Mammalia (сүтқоректілер)
Classis 2. Aves (құстар)
Classis 3. Amphibia (амфибиялар)
Classis 4. Pisces (балықтар)
Classis 5. Insecta (бунақденелілер)
Classis 6. Vermes (құрттар)

Минералдарды жіктеу

Оның минералдар таксономиясы көп бұрын қолданыстан шығып қалды. 1758 жылы жарық көрген "Systema Naturae" еңбегінің оныншы басылымында Линнеевтік сыныптар:

Classis 1. Petræ
Classis 2. Mineræ
Classis 3. Fossilia
Classis 4. Vitamentra

Рангы бойынша ғылыми жіктеу

Бұл тірі организмдерді жіктеудің рангіге негізделген әдісін бастапқыда Линней таныстырды (содан кейін ол үшін аталды), бірақ ол өз заманынан бері едәуір өзгерді. Линнейдің ең үлкен жаңалығы және осы жүйенің әлі де ең маңызды аспектісі – биномиалдық номенклатураны кеңінен пайдалану, туыс атау мен екінші терминнің үйлесімі, олар патшалық ішіндегі әрбір организм түрін бірегей түрде анықтайды. Мысалы, адам түрі жануарлар әлемінде Homo sapiens атауымен ерекшеленеді. Басқа жануар түрінің осы биномина (жануарлар жағдайында биномиалды білдіретін техникалық термин) болуы мүмкін емес. Линнейлік таксономияға дейін жануарлар олардың қозғалу әдісіне қарай жіктелетін. Линнейдің биномиалдық номенклатурасын қолдануы схоластикада қолданылған анықтама теориясымен болжамдалған. Схоластик логиктері мен табиғат философтары адам түрін, мысалы, Animal rationalis деп анықтады, онда animal туыс, ал rationalis (латынша «ақылды») адамды басқа жануарлардан ерекшелейтін қасиет саналды. Адам, жылқы және т.б. түрлердің animal туысын тікелей туыс ретінде қарастыру, алайда, биологиялық таксономистер үшін аса пайдалы емес. Осыған сәйкес, Линнейдің жіктеуі animal-ды көптеген туыстарды қамтитын класс ретінде қарастырады («ордерлер» сияқты аралық класс арқылы animal «патшалығына» бағынышты), ал homo-ны Homo sapiens түрінің туысы ретінде қарастырады, sapiens («білу» немесе «түсіну» деген латынша сөз) схоластикалық жүйеде rationalis-тің атқарған рөліне ұқсас ерекшелік туғызады (хомо сөзін, латынша «адам» дегенді, схоластиктер түрді білдіру үшін қолданды, туысты емес). Линнейлік таксономияның күші – оны тірі организмдердің әртүрлі түрлерін қарапайым және практикалық түрде ұйымдастыруға болады. Әр түрге бірегей (және, үміттенсек, тұрақты) атау беруге болады, жалпы атаулармен салыстырғанда, олар көбінесе жерден жерге, тілден тілге ерекшеленбейді және біркелкі емес. Бұл бірегейлік пен тұрақтылық, әрине, жұмыс істейтін систематиктердің (таксиномияға маманданған биологтардың) қабылдауының нәтижесі, тек биномиалдық атаулардың ғана емес, сонымен қатар атауларды пайдалану ережелерінің ресми номенклатура кодекстерінде белгіленгендігіне байланысты. Түрлер домендер немесе патшалықтардан басталатын реттік иерархияға орналастырылуы мүмкін. Домендер патшалықтарға бөлінеді. Патшалықтар филаларға (бірлік: филам) бөлінеді – жануарлар үшін; өсімдіктер мен саңырауқұлақтар үшін қолданылатын бөлім термині филам дәрежесіне тең (және қазіргі Халықаралық ботаникалық номенклатура кодексі кез келген терминді пайдалануға мүмкіндік береді). Фила (немесе бөлімдер) классқа, ал олар өз кезегінде орденге, отбасыға, туысқа (бірлік: туыс) және түрге (бірлік: түр) бөлінеді. Түрден төмен дәрежелер бар: зоологияда, субтүр (бірақ форманы немесе морфты қараңыз); ботаникада, сорт (varietas) және форма (forma) және т.б. Осы дәрежелердің кез келгенінде орналасқан организмдер тобы таксондар (бірлік: таксон) немесе таксономиялық топтар деп аталады. Линнейлік жүйе берік екені дәлелденді және ол қазіргі уақытта әмбебап ғылыми қабылдауды қолдайтын жұмыс істейтін жалғыз жіктеу жүйесі болып қала береді. Дегенмен, дәрежелер саны шектелмегенмен, іс жүзінде кез келген жіктеу неғұрлым көп дәрежелер қосылған сайын ауыртпалық тудырады. Кейін пайда болған кішігірім бөлімшелердің арасында фила, отбасы және тайпа, сондай-ақ префиксті кез келген дәрежелер (суперотбасылар, кішігірім отбасылар және т.б.) бар. Кладистика және филогенетикалық номенклатура сияқты жаңа таксономиялық құралдарды қолдану эволюцияға қарастырудың басқаша тәсіліне әкелді (көптеген ұялы кладтарда көрініс табады) және бұл кейде көбірек дәрежелерге деген құштарлыққа әкеледі. Мұндай күрделіліктің мысалы – Маккенна мен Белл ұсынған сүтқоректілер схемасы.

This rank based method of classifying living organisms was originally popularized by (and much later named for) Linnaeus, although it has changed considerably since his time. The greatest innovation of Linnaeus, and still the most important aspect of this system, is the general use of binomial nomenclature, the combination of a genus name and a second term, which together uniquely identify each species of organism within a kingdom. For example, the human species is uniquely identified within the animal kingdom by the name Homo sapiens. No other species of animal can have this same binomen (the technical term for a binomial in the case of animals). Prior to Linnaean taxonomy, animals were classified according to their mode of movement. Linnaeus's use of binomial nomenclature was anticipated by the theory of definition used in Scholasticism. Scholastic logicians and philosophers of nature defined the species human, for example, as Animal rationalis, where animal was considered a genus and rationalis (Latin for "rational") the characteristic distinguishing humans from all other animals. Treating animal as the immediate genus of the species human, horse, etc. is of little practical use to the biological taxonomist, however. Accordingly, Linnaeus's classification treats animal as a class including many genera (subordinated to the animal "kingdom" via intermediary classes such as "orders"), and treats homo as the genus of a species Homo sapiens, with sapiens (Latin for "knowing" or "understanding") playing a differentiating role analogous to that played, in the Scholastic system, by rationalis (the word homo, Latin for "human being", was used by the Scholastics to denote a species, not a genus). A strength of Linnaean taxonomy is that it can be used to organize the different kinds of living organisms, simply and practically. Every species can be given a unique (and, one hopes, stable) name, as compared with common names that are often neither unique nor consistent from place to place and language to language. This uniqueness and stability are, of course, a result of the acceptance by working systematists (biologists specializing in taxonomy), not merely of the binomial names themselves, but of the rules governing the use of these names, which are laid down in formal nomenclature codes. Species can be placed in a ranked hierarchy, starting with either domains or kingdoms. Domains are divided into kingdoms. Kingdoms are divided into phyla (singular: phylum) — for animals; the term division, used for plants and fungi, is equivalent to the rank of phylum (and the current International Code of Botanical Nomenclature allows the use of either term). Phyla (or divisions) are divided into classes, and they, in turn, into orders, families, genera (singular: genus), and species (singular: species). There are ranks below species: in zoology, subspecies (but see form or morph); in botany, variety (varietas) and form (forma), etc. Groups of organisms at any of these ranks are called taxa (singular: taxon) or taxonomic groups. The Linnaean system has proven robust and it remains the only extant working classification system at present that enjoys universal scientific acceptance. However, although the number of ranks is unlimited, in practice any classification becomes more cumbersome the more ranks are added. Among the later subdivisions that have arisen are such entities as phyla, families, and tribes, as well as any number of ranks with prefixes (superfamilies, subfamilies, etc.). The use of newer taxonomic tools such as cladistics and phylogenetic nomenclature has led to a different way of looking at evolution (expressed in many nested clades) and this sometimes leads to a desire for more ranks. An example of such complexity is the scheme for mammals proposed by McKenna and Bell.

Баламалар

Уақыт өте келе тіршілік иелерінің арақатынастарын түсіну өзгерді. Линней өз схемасын әртүрлі организмдердің құрылымдық ұқсастығына ғана негіздеген. Ең үлкен өзгеріс – 1859 жылы Чарльз Дарвиннің «Түрлердің шығу тегі» еңбегі жарық көргеннен кейін эволюцияның биологиялық әртүрлілік пен түрлердің пайда болу механизмі ретінде кеңінен қабылдануы болды. Содан кейін жіктемелер организмдердің филогенезін, яғни эволюциялық тегін көрсетуі керек екендігі түсінілді. Бұл эволюциялық таксономияға алып келді, онда барлық қазіргі және жойылған түрлер филогенез құру үшін байланыстырылады. Қазіргі заманда «Линней таксономиясы» термині көбінесе осыны білдіреді. 1950 жылдан бастап Вилли Хеннигтің жұмысынан бастау алған кладистикада әр таксон топ мүшелерінің ортақ ата-тегін қамтитындай етіп топтастырылады (осылайша филогенезге қарамастан). Мұндай таксондар монофилетикалық (барлық ұрпақтарын қамтитын), мысалы, *Homo* туысы, немесе парафилетикалық (кейбір ұрпақтарын қамтамайтын), мысалы, *Australopithecus* туысы болуы мүмкін. Бастапқыда Линней өзінің схемасында өсімдіктер, жануарлар және минералдар үшін қосымша топ құрды, бірақ ол көп бұрыннан тоқтатылды. Содан бері әртүрлі тіршілік формалары үш жаңа патшалыққа көшірілді: Монера – прокариоттар (яғни бактериялар); Протиста – протозоалар мен көптеген балдырлар; және Саңырауқұлақтар. Бұл бес патшалық схемасы әлі де филогенетикалық идеалға жетпеді және қазіргі таксономиялық жұмыста негізінен үш доменге бөлінумен ауыстырылды: прокариоттарды қамтитын Бактериялар және Археялар, және қалған формаларды қамтитын Эукариоталар. Бұл жіктемелер соңғы емес. Олар организмдердің геномдарына негізделген; осы салаға білім артқан сайын жіктемелер де өзгереді. Линней таксономиясы шеңберінде эволюциялық қатынастарды көрсету кейде қиындық тудырады, әсіресе кладистік әдістеме кеңінен қабылдануы және көптеген молекулалық филогениялар ұзақ уақыт бойы қабылданған жіктемелерге күдік келтіргеніне байланысты. Сондықтан кейбір жүйелеушілер оны алмастыру үшін PhyloCode ұсынды.

Over time, understanding of the relationships between living things has changed. Linnaeus could only base his scheme on the structural similarities of the different organisms. The greatest change was the widespread acceptance of evolution as the mechanism of biological diversity and species formation, following the 1859 publication of Charles Darwin's On the Origin of Species. It then became generally understood that classifications ought to reflect the phylogeny of organisms, their descent by evolution. This led to evolutionary taxonomy, where the various extant and extinct are linked together to construct a phylogeny. This is largely what is meant by the term 'Linnaean taxonomy' when used in a modern context. In cladistics, originating in the work of Willi Hennig, 1950 onwards, each taxon is grouped so as to include the common ancestor of the group's members (and thus to avoid phylogeny). Such taxa may be either monophyletic (including all descendants) such as genus Homo, or paraphyletic (excluding some descendants), such as genus Australopithecus. Originally, Linnaeus established three kingdoms in his scheme, namely for Plants, Animals and an additional group for minerals, which has long since been abandoned. Since then, various life forms have been moved into three new kingdoms: Monera, for prokaryotes (i. e., bacteria); Protista, for protozoans and most algae; and Fungi. This five kingdom scheme is still far from the phylogenetic ideal and has largely been supplanted in modern taxonomic work by a division into three domains: Bacteria and Archaea, which contain the prokaryotes, and Eukaryota, comprising the remaining forms. These arrangements should not be seen as definitive. They are based on the genomes of the organisms; as knowledge on this increases, classifications will change. Representing presumptive evolutionary relationships within the framework of Linnaean taxonomy is sometimes seen as problematic, especially given the wide acceptance of cladistic methodology and numerous molecular phylogenies that have challenged long accepted classifications. Therefore, some systematists have proposed a PhyloCode to replace it.