Кіріспе

Популяциялық генетикада аллельдер қауымдастығы

Популяциялық генетикада байланыс тепе-теңдігі (LD) – хромосомадағы әртүрлі орналасқан ДНК сегменттерінің (аллельдерінің) арасындағы кездейсоқ емес қауымдастықтың өлшемі. Бұл екі аллельдің бір локуста бірге табылу жиілігі мен сол локуста әрбір аллельдің жалпы табылу жиілігін салыстыруға негізделген, бұл қызығушылық тудыратын басқа аллельмен бірге немесе одан тыс табылуын қамтиды. Егер аллельдердің бірге табылу жиілігі (олардың әртүрлі аллельдерінің қауымдастық жиілігі) локустар тәуелсіз және кездейсоқ қауымдасқан жағдайда күтілетіннен жоғары немесе төмен болса, онда локустар байланыс тепе-теңдігінде емес деп есептеледі. Геномдағы байланыс тепе-теңдігінің үлгісі – оны құрылымдайтын популяциялық генетикалық процестердің қуатты сигналы болып табылады, бірақ бұл үлгінің өзінен пайда болу себебін көрсетпейді. Байланыс тепе-теңдігіне таңдау, генетикалық рекомбинация деңгейі, мутация деңгейі, генетикалық дрейф, жұптасу жүйесі, популяция құрылымы және генетикалық байланыс сияқты көптеген факторлар әсер етеді. Атына қарамастан, байланыс тепе-теңдігі әртүрлі локустардағы аллельдер арасында генетикалық байланыссыз және аллель жиіліктері тепе-теңдікте (уақыт өте өзгермейтін) болса да немесе болмаса да болуы мүмкін. Дегенмен, бұл ұғым жыныссыз организмдерге де қолданылады, сондықтан гаметалардың болуына байланысты емес.

r2 Әдіс

Локустар жұптары арасындағы корреляция коэффициенті – нұсқаудың баламасы, әдетте оның квадраты түрінде беріледі. мәні диапазонында болады. егер болса, онда бұл жұп арасында корреляция жоқ. егер болса, корреляция белгісіне қарай толық оң немесе толық теріс болады.

d Әдіс

Тағы бір балама, егер екі жиілік бір локустағы аллельдерді көрсететін болса, төрт аллель жиілігінің екеуінің көбейтіндісіне нормалдайды. Бұл екі локустың арасындағы асимметрияны салыстыруға мүмкіндік береді. Бұл көбінесе бақылау тобымен салыстыру зерттеулерінде қолданылады, онда зерттелетін локус ауруға байланысты аллельді қамтиды.

ρ Әдіс

d әдісіне ұқсас, бұл балама екі локустан алынған аллельдерді көрсететін төрт аллель жиілігінің екеуінің көбейтіндісіне қатысты қалыпқа келтіріледі. әрқашан 1-ге дейін максималды мәнге ие болса, екі локус үшін оның ең төменгі мәні сол локустар үшін тең болады.