Кіріспе

Соланасея тұқымдасына жататын өсімдіктерге әсер ететін вирус

Темекі мозаикасы вирусы (ТМВ) – Тобамовирус туысына жататын, өсімдіктердің кең ауқымын, әсіресе темекі және Соланасея тұқымдасының басқа да өкілдерін қамтитын, оң полюсті бір тізбекті РНК вирусы. Инфекция жапырақтарда ерекше үлгілерді – "мозаикаға" ұқсас дақтар мен түс өзгерістерін тудырады (содан аты да келген). ТМВ – алғаш рет ашылған вирус. XIX ғасырдың соңында темекі егінін бактериялық емес жұқпалы аурулардың зақымдағаны белгілі болғанмен, жұқпалы агенттің вирус екендігі тек 1930 жылы анықталды. Бұл вирус ретінде анықталған алғашқы патоген. Вирусты Венделл Мередит Стэнли кристалдық күйге келтірді. Оның мөлшері PG5 деп аталатын ең ірі синтетикалық молекуламен шамалас.

Тарих

1886 жылы Адольф Майер алғаш рет бактериялық инфекцияларға ұқсас, өсімдіктер арасында таралатын темекі мозаикасы ауруын сипаттады. 1892 жылы Дмитрий Ивановский бактериялық емес жұқпалы агенттің бар екендігіне алғашқы нақты дәлелдер келтірді, жұқтырған шырын ең ұсақ Чемберленд сүзгілерінен өткеннен кейін де жұқпалы болып қалатынын көрсетті. Кейін, 1903 жылы Ивановский, темекі өсімдіктерінің зардап шеккен жасушаларындағы қалыптан тыс кристалдық жасушаішілік инклюзияларды сипаттаған мақала жариялады және осы инклюзиялар мен жұқпалы агент арасындағы байланысты дәлелдеді. Дегенмен, Ивановский, көп рет дәлелдеуге тырысқанымен сәтсіздікке ұшырағанына қарамастан, себепші агентті өсіруге келмейтін бактерия деп санады, ол Чемберленд сүзгілерінде тоқталып қалуға және жарық микроскопында анықтауға тым кішкентай болды. 1898 жылы Мартинус Бейеринк Ивановскийдің сүзгілеу тәжірибелерін тәуелсіз түрде қайталап, жұқпалы агент темекі өсімдігінің жасушаларында көбейе алатынын көрсетті. Бейеринк темекі мозаикасы ауруын тудыратын агент бактериялық емес екенін көрсету үшін "вирус" терминін қабылдады. Темекі мозаикасы вирусы – кристалдандырылған алғашқы вирус. Бұл 1935 жылы Венделл Мередит Стэнлиге мүмкін болды, ол ТМВ кристалданғаннан кейін де белсенді бола беретінін көрсетті. Бірақ кейіннен оның кейбір қорытындылары (әсіресе, кристалдар таза белоктан тұрады және автокатализ арқылы құрастырылады деген тұжырымдары) дұрыс емес екені дәлелденді. ТМВ-ның алғашқы электронды микроскопиялық суреттерін 1939 жылы Густав Кауше, Эдгар Пфанкух және Гельмут Руска жасады – Нобель сыйлығының иегері Эрнст Русканың інісі. 1955 жылы Хайнц Френкель Конрат пен Робли Уильямс тазартылған ТМВ РНК және оның капсид (қабық) белгісі өздігінен функционалды вирустарға жиналатынын көрсетті, бұл ең тұрақты құрылым (ең төменгі еркін энергиясы бар) екенін көрсетті. Кристаллограф Розалинд Франклин Стэнли үшін Берклиде шамамен бір ай жұмыс істеді, кейіннен 1958 жылғы Брюссельдегі Дүниежүзілік көрмеге арналған ТМВ моделін жасады. 1958 жылы ол вирус қатты емес, қуыс екенін болжады және ТМВ РНК-сы бір тізбекті деп болжады. Бұл болжам оның қайтысынан кейін дұрыс екені дәлелденді және қазір + тізбек деп белгілі. Темекі мозаикасы ауруын зерттеу және оның вирустық табиғатын анықтау вирусологияның негізгі ұғымдарын қалыптастыруда маңызды рөл атқарды. Белок мономері 158 аминқышқылынан тұрады, олар төрт негізгі альфа-спиральдарға біріктірілген, олар вирион осіне жақын орналасқан айқын иілмемен байланысқан. Вирионның ұзындығы шамамен 300 нм, ал диаметрі шамамен 18 нм. Теріс боялған электронды микрофотосуреттер шамамен 2 нм радиусы бар анық ішкі арнаны көрсетеді. РНК шамамен 4 нм радиуста орналасқан және жасуша ферменттерінің әсерінен қабық белгісімен қорғалған. Бүтін вирус құрылымының Х-сәулелі талшықты дифракциясы 3,6 Å ажыратымдылықтағы электрондық тығыздық картасы негізінде зерттелді. Капсид спиралінің ішінде, ядроға жақын жерде, 6395 ± 10 нуклеотидтен тұратын оралған РНК молекуласы орналасқан. Вирустың құрылымы вирус ДНК-сын тануда маңызды рөл атқарады. Бұл белоктан туындаған міндетті аралық заттардың пайда болуы нәтижесінде вирус белгілі бір РНК шаштық құрылымын тануына мүмкіндік береді. Аралық зат ТМВ-ның өзін-өзі құрастыруын шаштық құрылыммен байланысу арқылы ынталандырады.

Геном

TMV геном 6,3–6,5 кбп бір тізгілі (ss) РНК-дан тұрады. 3’ ұшында тРНК-ға ұқсас құрылым бар, ал 5’ ұшында метилделген нуклеотидтік қақпақ (m7G5’pppG) бар. Геном 4 ашық оқу кадрын (ORF) кодтайды, олардың екеуі рибосоманың «сырғанау» арқасында UAG тоқтату кодонын өткізіп, бір ғана ақуызды өндіреді. 4 ген репликазаны (метилтрансфераза [MT] және РНК геликаза [Hel] домендерімен), РНК-ға тәуелді РНК полимеразаны, «қозғалыс» протеинін (MP) және капсид протеинін (CP) кодтайды. Кодтау тізбегі бірінші оқу кадрынан басталады, ол РНК-ның 5’ ұшынан 69 нуклеотид қашықтықта орналасқан. 5’ ұшындағы кодтамайтын аймақ әртүрлі жеке вириондарда өзгеше болуы мүмкін, бірақ 3’ ұшындағы кодтамайтын аймақта вириондар арасында ешқандай өзгеріс табылмаған. TMV-ның сындыру көрсеткіші шамамен 1,57-ге тең.

Аурудың циклі

TMV-де ерекше қыстау құрылымы жоқ. Керісінше, ол қыстау кезеңін жұққан темекі сабақтары мен жапырақтарында, топырақта, зақымдалған тұқымның бетінде өткізеді (TMV тіпті зақымдалған темекі өнімдерінде көп жылдар бойы сақталуы мүмкін, сондықтан темекі шегушілер оны жанасу арқылы, бірақ түтін арқылы емес, кездейсоқ түрде таратуы мүмкін). Бірақ вирус көрші жасушаларға тікелей байланыс арқылы таралады. Оның оңай енуі үшін TMV плазмодезмаларды кеңейтетін 30 кДа қозғалыс протеинін, P30-ды өндіреді. TMV РНК, P30 және көбейту протеиндерінің кешені түрінде жасушадан жасушаға көшеді. Сондай-ақ, ол өсімдік ішінде алыс қашықтыққа жылжу үшін флоэма арқылы да таралуы мүмкін. Сонымен қатар, TMV бір өсімдіктен екіншісіне тікелей байланыс арқылы жұғуы мүмкін. TMV-ның анықталған жұқтыру векторы болмаса да, вирус жұққан өсімдіктен сау өсімдікке адамдардың араласуы арқылы оңай жұғады.

Көшіру

Механикалық егу арқылы жауынды организмге енгеннен кейін TMV вирустық [+] РНК тізбегін босату үшін қабығын шешеді. Қабық шешілу кезінде MetHel:Pol гені трансляцияланып, MetHel қақпақтау ферменті мен РНК полимеразасы түзіледі. Содан кейін вирус геномы, tRNAHIS-тің [+] РНК 3' ұшындағы бастауымен [ ] РНК аралық арқылы бірнеше мРНК-ны өндіру үшін көбейтіледі. Нәтижесінде пайда болған мРНК бірнеше белокты, оның ішінде қабық белогін және РНК-ға тәуелді РНК полимеразаны (RdRp), сондай-ақ қозғалыс белогін кодтайды. Осылайша TMV өзінің геномын көбейтуге қабілетті. TMV-нің қабық белогі мен РНК геномы синтезделгеннен кейін, олар жоғары ұйымдасқан процесс арқылы толық TMV вириондарына өздігінен жиналады. Протомерлер екі қабаттан тұратын дискілерге немесе спираль тәрізді орналасқан "шайбаларға" бірігеді. Шектеулі капсид таяқшаның соңына протомерлер қосылып өседі. Таяқшаның ұзындығы арта келе, РНК оның ортасындағы каналдан өтіп, өсуші ұшында иіліс жасайды. Осылайша РНК спираль түрінде спиральді капсидтің ішіне оңай сыяды.

Хост және симптомдар

Басқа өсімдік патогендік вирустар сияқты, ТМВ-нің де иесінің спектрі өте кең және қандай өсімдік жұқтырғандығына байланысты әсері әртүрлі болады. Темекі мозаикасы вирусы Солтүстік Каролина штатындағы құрғатылған темекі өндірісінде екі процентке дейін шығысқа себеп болған. Ол тоғыз өсімдік тұқымдасының мүшелерін және кем дегенде 125 түрлі өсімдіктерді, оның ішінде темекі, помидор, бұрыш (барлығы Solanaceae тұқымдасынан), қияр, көптеген сәндік гүлдер және бұршақ, соның ішінде Phaseolus vulgaris және Vigna unguiculata түрлерін жұқтырады.

Қоршаған орта

ТМВ – ең тұрақты вирустардың бірі және оның тірі қалу диапазоны кең. Қоршаған ортаның температурасы шамамен 40 градус Цельсийден төмен болғанда, ТМВ өзінің тұрақты түрін сақтап тұра алады. Оған жұғу үшін тек қана қожайын қажет. Егер қажет болса, жылыжайлар мен ботаникалық бақтар ТМВ-нің таралуы үшін ең қолайлы жағдайларды қамтамасыз етеді, себебі олардағы мүмкін болатын қожайындардың саны көп және жыл бойы температура тұрақты болады. Сондай-ақ, ТМВ-ні шырыш ішінде in vitro жағдайында өсіру де пайдалы болуы мүмкін, өйткені ол 3000 күнге дейін тірі қала алады.

Емдеу және басқару

ТМВ-ны бақылаудың бірнеше әдеттегі әдістерінің бірі – санитария, оның ішінде жұқтырған өсімдіктерді жою және әрбір отырғызудың арасында қолды жуу. Сонымен қатар, кемінде екі жыл бойы инфекцияланған топырақ пен тұқымдық орындарды алмастыру арқылы егіс айналымын қолдану қажет. Кез келген өсімдік ауруы сияқты, ТМВ-ға төзімді сорттарды іздеу де кеңес беруге болады. Бұдан бөлек, қоныс беру арқылы қорғау әдісін қолдануға болады, онда қоныс беруші өсімдіктің күшті ТМВ штаммымен жұқтыру арқылы әлсіз штамммен жұқтырылып, вакцинаның әсеріне ұқсас тежеуге қол жеткізіледі. Соңғы он жылда генетикалық инженерияны пайдаланып, қоныс беруші өсімдіктің геномына ТМВ қабықшасының ақуызын өндіруге мүмкіндік беру үшін жаңа әдістер әзірленді. Гипотеза бойынша, ТМВ геномы қоныс беруші жасушаға енгеннен кейін жылдам қайта қабықшаланады, осылайша ТМВ репликациясының басталуын болдырмайды. Кейіннен вирустың геномға енуінен қорғау механизмі гендік үнсіздік арқылы жүзеге асатыны анықталды. ТМВ миксомицет шырыштың Physarum polycephalum өнімімен тежеледі. Темекі және бұршақтар P. vulgaris және V. sinensis түрлерінде P. polycephalum экстрактымен өңделгенде ТМВ-дан in vitro зақымданулар байқалған жоқ. Г. Френкель Конрат темекі мозаика вирусына сірке қышқылының әсерін көрсету үшін зерттеу жүргізді. Зерттеу нәтижесінде, 67% сірке қышқылы вирустың ыдырауына әкелді. ТМВ-ның алдын алудың тағы бір мүмкін көзі – салицил қышқылын қолдану. Кембридж университетінің зерттеу тобы жүргізген зерттеулер өсімдіктерді салицил қышқылымен өңдеу темекі өсімдіктеріндегі ТМВ вирустық РНК-сының және вирустық қабықшасының мөлшерін азайтатынын көрсетті. Олардың зерттеулері салицил қышқылының репликация мен транскрипцияны, әсіресе RdRp кешенін бұзатынын көрсетті. Зерттеулер жүргізіліп, адамдарда темекі мозаика вирусына қарсы антиденелер бар екені анықталды.

Ғылыми және экологиялық әсері

ТМВ туралы кең көлемдегі әдебиет және оның құрылымдық биологиядағы көптеген маңызды зерттеулерге (рентгендік дифракция және рентгендік кристаллография, вирустың құрастырылуы мен ыдырауы сияқты) таңдалу себебі, негізінен оны көп мөлшерде алу мүмкіндігі және оның жануарларға жұқпауы болып табылады. Бірнеше жүздеген жұқтырылған темекі өсімдіктерін жылыжайда өсіріп, содан кейін бірнеше қарапайым зертханалық процедураларды орындау арқылы ғалым бірнеше грамм вирусты өндіре алады. Шындығында, темекі мозаика вирусы соншалықты көбейеді, оның инклюзиялық денелерін тек жарық микроскопымен көруге болады.

Қолданбалар

Өсімдік вирустары молекулалық биологтар өсімдік жасушаларына генетикалық материал жеткізу үшін жиі қолданатын құрал – вирустық векторларды жасау үшін пайдаланылуы мүмкін; олар сонымен қатар биоматериалдар мен нанотехнологиялық құрылғылардың көзі болып табылады. TMV-ға негізделген вирустық векторларға magnICON және TRBO өсімдік экспрессиясы технологиялары жатады. Цилиндрлі пішіні, жоғары қатынасы, өзін-өзі құрастыру қабілеті және металл жабындыларын (никель және кобальт) қабығына енгізу мүмкіндігіне байланысты TMV батарея электродына енгізуге өте ыңғайлы. TMV батарея электродына қосылуы реактивті бетінің ауданын бірнеше есеге арттырады, нәтижесінде батареяның сыйымдылығы жазық электродымен салыстырғанда алты есеге дейін жоғарылайды. TMV-ге негізделген вектор C. acutatum-ға сыртқы GFP-ны алты субкультураға дейін және инфекциядан кейін кем дегенде 2 ай бойы трансформация технологиясын жасау қажеттілігінсіз уақытша түрде экспрессиялауға мүмкіндік берді. Сонымен қатар, TMV-ға негізделген рекомбинантты вектор арқылы VIGS пайдаланып, фитопатогенді саңырауқұлақ Colletotrichum acutatum-да РНК-ны экспрессиялауға қол жеткізілді, онда жасыл флуоресцентті ақуызды (GFP) кодтайтын геннің ORF-ы TMV жапсырма ақуызының (CP) субгеномдық мРНК промоторының көшірмесінен саңырауқұлақ жасушаларында транскрипцияланды, бұл тәсіл саңырауқұлақтарда шетелдік ақуыз экспрессиясын алуға болатынын көрсетті.