Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Исследовательский центр в Калифорнии, США.
Research facility in California, US
Объединенный институт генома (JGI) – это научное учреждение, предоставляющее возможности для комплексных геномных исследований в Национальной лаборатории Лоуренса Беркли. Миссия JGI заключается в продвижении геномных исследований в поддержку задач Министерства энергетики США (DOE) в области энергетики и охраны окружающей среды. Институт является одним из трех национальных научных центров коллективного пользования, финансируемых Управлением биологических и экологических исследований (BER) в рамках Управления исследований Министерства энергетики. Эти центры BER входят в более широкую сеть из 28 национальных научных центров коллективного пользования, функционирующих в национальных лабораториях DOE. JGI способствует развитию геномных исследований, предоставляя научному сообществу доступ к новейшим технологиям секвенирования и анализа генома. Штат института насчитывает 250 ученых, техников и других специалистов, которые поддерживают исследования 2180 научных пользователей ежегодно. В 2022 финансовом году было секвенировано 658 триллионов нуклеотидов, и эта производительность удваивается примерно каждые два года.
The Joint Genome Institute (JGI) is a scientific user facility for integrative genomic science at Lawrence Berkeley National Laboratory. The mission of the JGI is to advance genomics research in support of the United States Department of Energy's (DOE) missions of energy and the environment. It is one of three national scientific user facilities supported by the Office of Biological and Environmental Research (BER) within the Department of Energy's Office of Research. These BER facilities are part of a more extensive network of 28 national scientific user facilities that operate at the DOE national laboratories. The JGI advances genomics research by providing the research community with access to the latest generation of genome sequencing and analysis capabilities. It employs a staff of 250 scientists, technicians, and other personnel to support the research of the 2,180 scientific users who make use of it for their research each year. The facility sequenced 658 trillion total bases in FY 2022, and this output is now doubling about every two years.
Сотрудничество
JGI активно сотрудничает с Лабораторией молекулярных наук окружающей среды в Национальной лаборатории Тихоокеанского Северо-Запада (PNNL). Обе лаборатории совместно управляют программой Facilities Integrating Collaborations for User Science (FICUS), разработанной для исследователей, которым необходимы ресурсы обоих исследовательских центров для проведения своих исследований. JGI также выполняет масштабное секвенирование по заказу четырех DOE Биоэнергетических исследовательских центров.
The JGI collaborates extensively with the Environmental Molecular Sciences Laboratory at Pacific Northwest National Laboratory (PNNL). The two facilities jointly manage the Facilities Integrating Collaborations for User Science (FICUS) program, designed for researchers who require the capabilities of both user facilities to perform their research. The JGI also performs extensive sequencing on behalf of the
four DOE Bioenergy Research Centers.
Лидерство
Директором JGI с 2017 года является Найджел Маунси. Маунси также занимает должность президента Общества промышленной микробиологии и биотехнологии (SIMB).
The Director of JGI since 2017 is Nigel Mouncey. Mouncey also serves as the President of the Society for Industrial Microbiology and Biotechnology (SIMB)
История
Объединенный институт генома (JGI) был создан в 1997 году для объединения опыта и ресурсов в области картирования генома, секвенирования ДНК, разработки технологий и информационных наук, накопленных в центрах генома Министерства энергетики США (DOE) в Национальной лаборатории Лоуренса Беркли (Berkeley Lab), Национальной лаборатории Лоуренса Ливермора (LLNL) и Национальной лаборатории Лос-Аламоса (LANL). В 1999 году Калифорнийский университет, управляющий этими тремя национальными лабораториями от имени DOE, арендовал лабораторные и офисные помещения в индустриальном парке в Уолнат-Крик, Калифорния, для консолидации исследований в области генома. Под руководством Найджела Маунси, ветерана биотехнологической отрасли, занявшего должность директора в марте 2017 года, DOE JGI получает финансирование от Управления биологических и экологических исследований в Управлении науки DOE. Первоначально созданный для работы над проектом «Геном человека» – JGI определил полные последовательности хромосом 5, 16 и 19 – институт с тех пор переориентировал свою деятельность на нечеловеческие компоненты биосферы, особенно те, которые имеют отношение к научной миссии DOE. С 2004 года JGI является пользовательским центром, способствующим развитию геномных исследований в широком спектре дисциплин, где информация о последовательности ДНК может привести к научным открытиям. В феврале 2004 года JGI запустил Программу секвенирования сообщества (CSP), известную как Программа наук сообщества, предоставляющую научному сообществу доступ к высокопроизводительному и высококачественному секвенированию, синтезу ДНК, метаболомике и аналитическим возможностям. Проекты включают в себя множество важных многоклеточных организмов, микробов и микробных сообществ, называемых метагеномами (или микробиомами), связанных с задачами DOE в области биоэнергетики, понимания глобальных циклов, таких как углеродный цикл, и биогеохимии, и отбираются прежде всего на основе научной значимости, определяемой внешней экспертизой.
The Joint Genome Institute (JGI) was created in 1997 to unite the expertise and resources in genome mapping, DNA sequencing, technology development, and information sciences pioneered at the DOE genome centers at Lawrence Berkeley National Laboratory (Berkeley Lab), Lawrence Livermore National Laboratory (LLNL) and Los Alamos National Laboratory (LANL). In 1999, the University of California, which manages the three national labs for the DOE, leased laboratory and office space in a light industrial park in Walnut Creek, California to consolidate genome research activities. Led by biotechnology industry veteran Nigel Mouncey, who assumed the position of Director in March 2017, the DOE JGI receives its funding from the Office of Biological and Environmental Research in DOE's Office of Science. Originally established to work on the Human Genome Project—the JGI generated the complete sequences of Chromosomes 5, 16 and 19—the JGI has since shifted its focus to the non human components of the biosphere, particularly those relevant to the DOE's science mission. Since 2004, the JGI has been a user facility that advances genomics research in a broad range of disciplines where DNA sequence information is likely to drive scientific discoveries. In February 2004, the JGI launched the Community Sequencing Program (CSP), known as the Community Science Program, which provides the scientific community at large with access to high throughput, high quality sequencing, DNA synthesis, metabolomics and analysis capabilities. The projects involve many important multicellular organisms, microbes and communities of microbes called metagenomes (or microbiomes) related to the DOE mission areas of bioenergy, understanding global cycles such as the carbon cycle, and biogeochemistry and are chosen primarily based on scientific merit as determined by outside review.
Определенные этапы секвенирования генома
В 2006 году JGI опубликовал геном первого секвенированного дерева – тополя трепетного (Populus trichocarpa). В партнерстве с другими федеральными учреждениями и университетами JGI также опубликовал геномные последовательности сорго, перспективного сырья для производства биотоплива и биоматериалов.
In 2006, the JGI published the genome of the first tree sequenced—the cottonwood (Populus trichocarpa). In partnership with other federal institutions and universities, the JGI has also published the genome sequences of sorghum, a candidate feedstock for biofuels and biomanufacturing.
Системы управления данными
JGI также поддерживает программы, посвященные функциональной и эволюционной геномике, связанной с исследуемыми организмами и средами обитания, а также разработку вычислительных и биоинформатических инструментов для управления и анализа данных. К этим системам анализа геномов и метагеномов/микробиомов относятся Genome Portal, Phytozome, IMG и база данных Genomes OnLine Database. Система интегрированных микробных геномов (IMG) предоставляет платформу для сравнительного анализа преимущественно микробных геномов, хотя также поддерживает геномы эукариот и образцы из окружающей среды. Ее цель – облегчить визуализацию и изучение геномов с функциональной и эволюционной точек зрения.
The JGI also supports programs dedicated to functional and evolutionary genomics related to the organisms and environments being sequenced and the development of computational and bioinformatic tools for data management and mining. These genome and metagenome/microbiome analysis systems include Genome Portal, Phytozome, IMG and the Genomes OnLine Database. The Integrated Microbial Genomes System (IMG), which provides a framework for comparative analysis of primarily microbial genomes, though the system also supports eukaryotic genomes and environmental samples. Its goal is to facilitate the visualization and exploration of genomes from a functional and evolutionary perspective.