Введение
Буферный раствор
Буфер TAE представляет собой буферный раствор, содержащий смесь основания Tris, уксусной кислоты и EDTA. В молекулярной биологии он используется в агарозном электрофорезе, как правило, для разделения нуклеиновых кислот, таких как ДНК и РНК. Он состоит из буфера Tris-ацетата, обычно при pH 8,3, и EDTA, который связывает двухвалентные катионы. TAE обладает меньшей буферной ёмкостью, чем TBE, и может легко истощаться, но линейная двухцепочечная ДНК пробегает быстрее в TAE. Ранее Brody & Kern упростили электрофоретические буферы, заменив буферы TBE и TAE на более эффективную и недорогую проводящую среду в гелевых системах.
TAE buffer is a buffer solution containing a mixture of Tris base, acetic acid and EDTA. In molecular biology, it is used in agarose electrophoresis typically for the separation of nucleic acids such as DNA and RNA. It is made up of Tris acetate buffer, usually at pH 8.3, and EDTA, which sequesters divalent cations. TAE has a lower buffer capacity than TBE and can easily become exhausted, but linear, double stranded DNA runs faster in TAE. Previously, Brody & Kern simplified electrophoretic buffers by substituting TBE and TAE buffers for a more efficient and inexpensive conductive media in gel systems.
Применение
Буфер TAE (Tris acetate EDTA) используется как в качестве бегового буфера, так и при приготовлении агарозных гелей. Также описано его применение в методах денатурирующего градиентного гелевого электрофореза для анализа широкого спектра мутаций. TAE использовали в различных концентрациях для изучения подвижности ДНК в растворе в присутствии и в отсутствие хлорида натрия. Однако высокие концентрации хлорида натрия (и многих других солей) в образце ДНК снижают его подвижность. Это может привести к ошибочной интерпретации полученной картины зондирования ДНК.
Подготовка
Буфер ТАЭ обычно готовится в виде 50× концентрированного раствора для лабораторного использования. 50× концентрированный раствор можно приготовить, растворив 242 г основания Tris в воде, добавив 57,1 мл ледяной уксусной кислоты и 100 мл 500 мМ раствора EDTA (pH 8,0), и довести конечный объем до 1 литра. Этот концентрированный раствор можно разбавить водой в соотношении 49:1 для получения 1× рабочего раствора. Этот 1× раствор будет содержать 40 мМ Tris, 20 мМ уксусной кислоты и 1 мМ EDTA. № Наименование На 1 моль 50× раствора 50× 1× раствор 1× 1 Трис-база 121,1 г/л 2 М 242,2 г/л 40 мМ 4,844 г/л 2 Уксусная кислота 57,1 мл/л 1 М 57,1 мл/л 20 мМ 1,21 мл/л 3 Динатриевая соль ЭДТА дигидрат 372,24 г/л 50 мМ 18,612 г/л 1 мМ 0,372 г/л
2 М = 2000 мМ, следовательно, 2000 мМ / 50 = 40 мМ для 1×. 1 М = 1000 мМ, следовательно, 1000 мМ / 50 = 20 мМ для 1×. 50 мМ / 50 = 1 мМ для 1×. Сначала эти ингредиенты следует растворить в 500 мл, затем довести объем до 1000 мл. Примечание: ЭДТА растворяется дольше, поэтому при растворении ЭДТА используйте магнитную мешалку (добавляйте ЭДТА небольшими порциями в 3 или 4 приема). Пошаговый рецепт приготовления 50× буфера ТАЭ доступен на protocols.io.