Введение
Филогенез (от греческого φῦλον phylon "племя" + γένεσις genesis "происхождение") — это биологический процесс, в результате которого возникает таксон (любого ранга). Наука, изучающая эти процессы, называется филогенетикой. Эти термины можно спутать с филогенетическим анализом, который представляет собой применение молекулярных аналитических методов (то есть молекулярной биологии и геномики) для объяснения филогении и её исследования. Филогенетические связи выявляются с помощью методов филогенетического вывода, оценивающих наблюдаемые наследственные признаки, такие как последовательности ДНК или общие морфолого-анатомические, этологические и другие характеристики.
Phylogenesis (from Greek φῦλον phylon "tribe" + γένεσις genesis "origin") is the biological process by which a taxon (of any rank) appears. The science that studies these processes is called phylogenetics. These terms may be confused with the term phylogenetics, the application of molecular analytical methods (i. e. molecular biology and genomics), in the explanation of phylogeny and its research. Phylogenetic relationships are discovered through phylogenetic inference methods that evaluate observed heritable traits, such as DNA sequences or overall morpho anatomical, ethological, and other characteristics.
Филогения
Результатом этих анализов является филогенез (также известный как филогенетическое дерево) – схематичная гипотеза об истории эволюционных взаимосвязей группы организмов. Филогенетические анализы стали ключевыми для понимания биоразнообразия, эволюции, экологической генетики и геномов.
Кладистика
Кладистика (греч. κλάδος, klados, т.е. "ветвь") – это подход к биологической классификации, в котором организмы категоризируются на основе общих, производных признаков, которые можно проследить до последнего общего предка группы и отсутствуют у более ранних предков. Следовательно, считается, что члены группы имеют общую историю и тесно связаны между собой. Кладистический метод интерпретирует каждое изменение состояния признака, подразумеваемое распределением общих состояний признаков среди таксонов (или других терминальных узлов), как потенциальное свидетельство в пользу объединения. Результатом кладистического анализа является кладограмма – древовидная диаграмма (дендрограмма), которая рассматривается как наилучшая гипотеза филогенетических взаимосвязей. Хотя традиционно такие кладограммы создавались преимущественно на основе морфологических признаков, рассчитанных вручную, данные генетического секвенирования и вычислительная филогенетика теперь широко используются, и многие филогенетики отказались от принципа наибольшей экономии (парсимонии) в пользу более "сложных" (но менее экономичных) эволюционных моделей трансформации состояний признаков.
Таксономия
Таксономия (от греч. τάξις, taxis = «порядок», «расположение» + νόμος, nomos = «закон» или «наука») — это классификация, идентификация и наименование организмов. Она обычно опирается на данные филогенетики, но остаётся методологически и логически самостоятельной дисциплиной. Степень зависимости таксономии от филогении (или классификации от эволюционного развития) варьируется в зависимости от таксономической школы: фенетика полностью игнорирует филогенетические связи, стремясь отразить лишь сходство между организмами; кладистика (филогенетическая систематика) стремится воспроизвести филогенетические взаимосвязи в своей классификации.