Темы

Филогенетика

Phylogenetics · 44 статей

  1. Кладистика: Метод биологической систематики в эволюционной биологии

    Кладистика: метод биологической систематики, основанный на эволюционном родстве и общих признаках. Определение клад и анализ филогенетических связей.

    #1157 · 8 мин чтения

  2. Филогенетика: Изучение эволюционных связей между организмами

    Филогенетика: изучение эволюционных связей между организмами. Анализ ДНК, белков и морфологии для построения филогенетических деревьев.

    #5710 · 10 мин чтения

  3. Фенетика: Классификация организмов по общей схожести

    Фе́нетика: классификация организмов по внешнему сходству, морфологии и наблюдаемым признакам. Развита Снейтом и Сокалом, уступила кладистике.

    #5711 · 4 мин чтения

  4. Парафилия в таксономии: определение и проблемы

    Парафилия в таксономии: определение, отличие от монофилии, роль в филогенетике и исторической лингвистике. Синапоморфии и симплезиоморфии.

    #5887 · 7 мин чтения

  5. Систематика: изучение разнообразия и эволюции живых организмов.

    Систематика – раздел биологии, изучающий разнообразие и эволюционные связи живых организмов. Филогенетические деревья, эволюция признаков, биогеография.

    #6758 · 4 мин чтения

  6. Эмиль Генниг: Основоположник кладистики и эволюционной систематики

    Эмиль Хенниг (1913-1976) – немецкий зоолог, основатель кладистики. Революционизировал систематику, ввел понятия синапоморфии и парафилии. Эволюция, таксономия.

    #8100 · 9 мин чтения

  7. Кладограмма: схема родственных связей организмов

    Кладограмма: схема родственных связей организмов, основанная на общих предках. Не эволюционное дерево, но важный инструмент в кладистике.

    #11505 · 7 мин чтения

  8. Гомология в биологии: общие предки структур и генов

    Гомология в биологии: сходство структур и генов из-за общего предка. Эволюционное объяснение, примеры (конечности позвоночных). История изучения.

    #45405 · 11 мин чтения

  9. Выравнивание последовательностей в биоинформатике

    Выравнивание последовательностей в биоинформатике: поиск сходств ДНК, РНК и белков для анализа эволюции, структуры и функций. Применение в разных областях.

    #47054 · 20 мин чтения

  10. Филогенетические деревья: схема эволюционных взаимосвязей организмов

    Филогенетические деревья: эволюционные связи между организмами. Изучение истории развития видов, таксономия и поиск общего предка. Биология, генетика.

    #47062 · 6 мин чтения

  11. Молекулярная филогенетика: анализ генетических различий для изучения эволюции.

    Молекулярная филогенетика: анализ генетических различий ДНК для изучения эволюционных связей видов. Построение филогенетических деревьев и систематика.

    #47113 · 7 мин чтения

  12. Молекулярная эволюция: изменения в последовательностях молекул и их значение.

    Молекулярная эволюция: изменения ДНК и РНК, происхождение генов, адаптация, видообразование. Основы филогенетики и геномики. История развития науки.

    #53235 · 11 мин чтения

  13. Молекулярные часы: определение времени расхождения видов

    Молекулярные часы: метод определения времени расхождения видов по скорости мутаций ДНК и белков. История открытия и применение в эволюционной биологии.

    #67164 · 6 мин чтения

  14. Полифилетические группы: происхождение и классификация

    Полифилетическая группа в биологии: организмы с разным происхождением, объединенные схожими признаками (гомоплазиями). Эволюция, классификация, примеры.

    #76445 · 1 мин чтения

  15. Метод «Соседнего присоединения» для построения филогенетических деревьев

    Создание филогенетических деревьев методом Neighbor Joining: быстрый алгоритм кластеризации для анализа ДНК и белков. Оптимально для биоинформатики.

    #83922 · 2 мин чтения

  16. Филогенез, Кладистика и Таксономия: Научный Обзор

    Филогенез: происхождение и эволюция видов. Изучение родственных связей организмов с помощью молекулярной биологии и филогенетических деревьев.

    #84080 · 2 мин чтения

  17. Иерархическая кластеризация UPGMA: метод, применение и ограничения.

    Иерархическая кластеризация UPGMA: простой метод для анализа данных, основанный на вычислении средних расстояний. Пример с бактериями и генетическими данными.

    #84634 · 2 мин чтения

  18. Стохастические матрицы в моделировании эволюции в биоинформатике

    Матрицы подстановок в биоинформатике: моделирование эволюции нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Расчет схожести и выравнивание последовательностей.

    #85759 · 5 мин чтения

  19. Семейства белков: эволюционные связи и классификация.

    Семейства белков: группы эволюционно связанных протеинов со схожей структурой и функцией. Определение, гомология, последовательность аминокислот.

    #103474 · 4 мин чтения

  20. Генетические семейства: структура, эволюция и номенклатура.

    Гены-семьи: группы схожих генов, возникшие в результате дупликации. Общие функции, схожие последовательности ДНК и белка. Эволюция генов.

    #112296 · 3 мин чтения

  21. Биоинформатика с Python: Обзор библиотеки Biopython

    Биоинформатика на Python: Biopython – мощный opensource инструмент для вычислительной биологии. Разработка с 1999 года, вклад >100 разработчиков.

    #116572 · 3 мин чтения

  22. Эволюционная таксономия: принципы и история развития

    Эволюционная таксономия: классификация организмов на основе эволюционных связей, филогенетики и степени изменений. Парафилетические таксоны допустимы.

    #136732 · 6 мин чтения

  23. Сравнительная геномика: анализ и эволюция геномов.

    Сравнительная геномика: изучение геномов разных видов (от бактерий до человека) для выявления эволюционных связей и генетических изменений. Синтения генов.

    #159589 · 15 мин чтения

  24. Наследственные признаки: апоморфии, синапоморфии и другие филогенетические термины.

    Апоморфия и синапоморфия: ключевые признаки эволюции и классификации в филогенетике. Общие и уникальные признаки, наследуемые черты, кладистика.

    #170020 · 2 мин чтения

  25. Последний общий предок

    Последний общий предок (MRCA): определение в биологии и генеалогии. Расчет времени жизни MRCA по ДНК и моделям. Изучение происхождения видов и генов.

    #173333 · 8 мин чтения

  26. Критерий максимальной парсимонии: поиск наиболее экономного дерева

    Максимальная парсимония: критерий оптимальности в филогенетике. Выбор дерева с минимальным числом изменений признаков для наилучшего объяснения данных.

    #184938 · 29 мин чтения

  27. Гомология последовательностей ДНК, РНК и белков.

    Гомология последовательностей ДНК, РНК и белков: общее происхождение, ортологи, паралоги, ксенологи. Анализ сходства для выявления эволюционной связи.

    #217804 · 6 мин чтения

  28. Палеогенетика: Изучение прошлого через ДНК древних организмов.

    Палеогенетика: изучение прошлого через ДНК древних организмов. Восстановление геномов вымерших видов, эволюция, анатомия и физиология – новые открытия!

    #271688 · 2 мин чтения

  29. Систематическая ошибка в филогенетике: эффект притяжения длинных ветвей.

    Систематическая ошибка в филогенетике: длинноветвленность (LBA). Неправильное сближение далёких линий из-за высокой скорости эволюции. Обзор и дискуссии.

    #306791 · 5 мин чтения

  30. Сохраняющиеся последовательности в геномах и эволюции видов.

    Консервированные последовательности ДНК, РНК и белков: эволюционная значимость, роль в отборе и филогенетических исследованиях. Геномика, протеомика.

    #322264 · 7 мин чтения

  31. Примитивные и производные признаки в филогенетике

    Примитивные признаки в филогенетике: унаследованные от общего предка характеристики клады, сохранившиеся без значительных изменений. Отличие от производных признаков.

    #330027 · 3 мин чтения

  32. Многоветвленность на филогенетическом дереве

    Политомия в филогенетических деревьях: определение, типы (мягкая/жесткая), причины возникновения и отличие от дихотомий. Недостаток данных – частая причина.

    #334629 · 3 мин чтения

  33. Эволюционные грейды и парафилетические таксоны.

    Эволюционные грады: таксономические группы по сложности строения/функций, предложенные Джулианом Хаксли. Отличие от клады, филогенетика, эволюция.

    #339017 · 4 мин чтения

  34. Плезиоморфия и филогенетические взаимосвязи

    Плезиоморфия: общий признак предков у разных таксонов. Важное понятие в кладистике и эволюционной биологии для понимания родственных связей видов.

    #349805 · 3 мин чтения

  35. Филогеномика: эволюция и геномика в пересечении наук.

    Филогеномика: эволюция и геномика. Сравнение геномов для реконструкции эволюционных связей. Методы филогенетического анализа и геномных данных.

    #387050 · 3 мин чтения

  36. Филогенетические сети: визуализация эволюционных связей и ретикуляций.

    Филогенетические сети: визуализация эволюционных связей, включая гибридизацию и горизонтальный перенос генов. Отличие от деревьев, софт для анализа.

    #398649 · 2 мин чтения

  37. Выравнивание деревьев в вычислительной филогенетике: сложность и подходы

    Выравнивание деревьев в филогенетике: алгоритмы для множественного выравнивания ДНК, РНК и белков. Минимизация расстояний редактирования на филогенетическом дереве.

    #417542 · 8 мин чтения

  38. Идеальная филогения в вычислительной филогенетике

    Совершенная филогения: определение в вычислительной филогенетике. Дерево без гомоплазии, где признаки эволюционируют без обратных мутаций. Редко встречается в данных.

    #417624 · 2 мин чтения

  39. Уолтер Монро Фитч: Пионер молекулярной эволюции

    Уолтер Монро Фитч (1929-2011) – пионер молекулярной эволюции. Биография, образование (UC Berkeley, Wisconsin-Madison, UCI) и вклад в науку.

    #417683 · 1 мин чтения

  40. Выравнивание множественных последовательностей

    Множественное выравнивание последовательностей: сравнение ДНК, РНК и белков для поиска эволюционных связей и мутаций. Методы, сложность и применение в биоинформатике.

    #421970 · 16 мин чтения

  41. Пакет программ PHYLIP для филогенетического анализа

    PHYLIP: бесплатный пакет программ для построения филогенетических деревьев. 65 программ на C, open source, для Windows, Mac, Linux и FreeBSD. Документация включена.

    #446249 · 7 мин чтения

  42. Ретротранспозоны как молекулярные маркеры для реконструкции филогении млекопитающих

    Ретротранспозоны как кладистические маркеры для определения родства видов млекопитающих. Анализ SINE, LINE элементов и LTR для реконструкции эволюции.

    #450706 · 2 мин чтения

  43. Хемотаксономия и биохимические свидетельства эволюции.

    Хемотаксономия: классификация организмов по биохимическим признакам (белки, аминокислоты, ДНК). Более надежный метод, чем анатомия, для определения родства.

    #454211 · 6 мин чтения

  44. Paleobiology

    #501790 · 6 мин чтения